Estudo in silico dos diferentes grupos de expansina presentes no transcriptoma de Urochloa decumbens (Stapf) cv. Basilisk

Abstract

A Urochloa decumbens cv Basilisk é uma gramínea forrageira que tem grande importância na pecuária brasileira por ser amplamente utilizada na alimentação animal. Possui características vantajosas, como adaptação às várias condições de solo e clima, alta qualidade nutricional e resistentes a seca. Devido a sua importância e para aprofundar os conhecimentos a respeito desta planta, o RNA da planta foi extraído pela EMBRAPA Gado de Corte (Campo Grande, MS) e sequenciado pelo Beijing Genomics Institute, na China. Foi encontrado um importante conjunto de genes que codificam a expansina, proteínas que estão ligadas ao afrouxamento da parede celular, regulando a expansão e o crescimento da planta. Observou-se 88 expansinas no transcriptoma de Urochloa decumbens, que se dividem em quatro grupos, Expansina tipo A, Expansina tipo B, Expansina A e Expansina B. Das 88 expansinas, 38 são EXLA, 23 são EXLB, 8 são EXPA e 19 são EXPB. A partir destas sequências foram realizados Blastn e análises filogenéticas para verificar a similaridade e a homologia destas sequências com outras expansinas de diferentes plantas, e verificar as variações delas conforme o tempo de evolução. A partir dessas análises, observou-se que os grupos EXLA e EXLB possuem grande similaridade e homologia com a Setaria itálica, apontando que ambas as sequências de expansina EXLA e EXLB possuem um ancestral comum com a Setaria itálica, esses resultados indicam que suas sequências são mais conservadas. Diferentemente dos grupos de expansinas EXPA e EXPB que apresentaram maior similaridade e homologia com outras plantas, como a Oryza sativa, Setaria itálica, Phoenix dactylifera e Brassica rapa para a EXPA e predominantemente Zea mays para a EXPB.