Análise do transcriptoma de Urochloa Decumbens (stapf) cv. Basilisk para a identificação de peptídeos antimicrobianos

Abstract

O objetivo do presente trabalho foi realizar a identificação de peptídeos antimicrobianos no transcriptoma de Urochloa decumbens cv. Basilisk utilizando ferramentas da Bioinformática, classificando os peptídeos antimicrobianos vegetais encontrados em famílias. Este trabalho visa fornecer informações sobre a espécie vegetal em análise e identificar os peptídeos antimicrobianos que possam ser utilizados como princípios ativos de fármacos ou como inseticidas, e em programas de melhoramento genético. O RNA foi extraído pela EMBRAPA Gado de Corte (Campo Grande, MS) e sequenciado pelo Beijing Genomics Institute, na China. O alinhamento dos transcritos únicos da planta foi realizado localmente utilizando o BLASTx pelo script BLASTall contra o banco de dados de peptídeos antimicrobianos CAMP. Os resultados foram organizados e analisados utilizando o MySQL, separando e contabilizando por taxonomia de origem, atividade antimicrobiana e família de peptídeos antimicrobianos. Do alinhamento obteve-se, inicialmente, 3.161 similaridades com 250 peptídeos antimicrobianos diferentes que, após a seleção manual, obteve-se 1.033 similaridades com 94 peptídeos antimicrobianos diferentes entre si. Os peptídeos antimicrobianos resultantes tinham principalmente atividade antibacteriana e antifúngica, pertencendo, principalmente, as famílias: taumatinas, snakins e defensinas, porém a maioria permaneceu como não definida pela classificação do CAMP. Os resultados obtidos demonstraram a diversidade do arsenal de defesa de U. decumbens cv. Basilisk.