Padronização da RT-PCR DUPLEX, MULTIPLEX e NESTED para detecção do vírus zika, dengue e chikungunya

Abstract

Os vírus zika (ZIKV), dengue (DENV) e chikungunya (CHIKV) são as arboviroses mais prevalentes nas Américas. Elas compartilham o mesmo vetor, o mosquito Aedes aegypti, se sobrepõem em áreas endêmicas e possuem sintomas clínicos semelhantes nos estágios iniciais da doença. Essas, arboviroses nos últimos anos, aumentaram sua área de endemicidade e são consideradas como um grande problema de saúde pública. Isso reforçou a necessidade do desenvolvimento de testes laboratoriais para confirmar a infecção por essas viroses. Esses testes devem ser rápidos, específicos, eficientes, econômicos e fáceis de serem realizados, permitindo que possa ser feita a identificação dos vírus nos pacientes que apresentarem os sintomas da doença. Este trabalho propôs a padronização de protocolos para a identificação dos gêneros Alphavirus e Flavivirus, além da detecção simultânea dos vírus ZIKV, DENV e CHIKV em uma única reação e diferenciação dos sorotipos do vírus DENV. Para isso foram utilizados nove pares de oligonucleotídeos iniciadores já descritos na literatura que se mostraram sensíveis e específicos à sequência alvo dos vírus. Três modalidades diferentes da RT-PCR foram utilizadas para atingir este propósito: a RT-PCR Duplex, a RT-PCR Multiplex e a Nested RT-PCR. Na reação RT-PCR Duplex foi possível observar apenas o produto amplificado pelo par de oligonucleotídeos iniciadores FG1/FG2, mostrando que o par de oligonucleotídeos iniciadores cM3W/M2W apresentou baixa sensibilidade. Na reação RT-PCR Multiplex, foi possível observar apenas os produtos amplificados pelos oligonucleotídeos iniciadores DEN-F/DEN-CR e ZIKVEN-F/ZIKVEN-R, porém não foi possível observar o produto dos oligonucleotídeos iniciadores CHIKF/CHIKR, no entanto, quando a reação foi realizada separadamente foi possível observar todos os produtos amplificados por cada um dos oligonucleotídeos iniciadores. Na reação Nested RT-PCR, observamos apenas os produtos amplificados pelos oligonucleotídeos iniciadores DEN-F/DEN-CR, DEN-1 e DEN-2. Esses resultados mostram que ainda é necessário a otimização dos oligonucleotídeos iniciadores utilizados e das reações para aumentar a sensibilidade dos testes realizados neste estudo para que se possa padronizar um teste para a detecção das três arboviroses aqui descritas.