Análise de genes de resistência no transcriptoma de Urochloa Decumbens cv. Basilisk

Abstract

As pastagens ocupam 35% da área territorial do centro-oeste, tendo a pecuária grande importância regional. A Urochloa decumbens cv. Basilisk é uma gramínea forrageira e suas variedades foram responsáveis pela revolução das pastagens na pecuária nacional em 1970. Objetivou-se fazer uma análise dos genes de resistência no transcriptoma de Urochloa decumbens cv. Basilisk através das ferramentas da Bioinformática. Averiguar os domínios de resistência presentes em U. decumbens e construir árvores filogéneticas. Este trabalho tem importância para o conhecimento desta espécie vegetal e levantamento de genes que possam ser usados em programas de melhoramento de resistência em gramíneas. Foram obtidos 164.920 transcritos únicos com a EMBRAPA Gado de Corte em Campo Grande - MS e em seguida foi realizado um alinhamento local dos transcritos únicos contra os genes de resistência do banco de dados PRGdb instalado localmente. Estes resultados foram organizados em um banco de dados usando MySQL, e os domínios de proteínas de resistência foram contados. Então 2% de 1221 genes foram anotados em detalhes por comparações com os bancos de dados Interpro, Nonredundant Protein Data- NR , Genbank–NT, Refseq, Clusters of Orthologoes Grups- COG Gene Ontology-GO, Kioto Encyclopedia of Genes and Genomes-KEGG e Conserved Domains Database- CCD, afim de verificar suas características e funções. Em seguida os mesmos foram usados para uma análise filogenética, utilizando-se os programas Bioedit, Clustal e MEGA 6.06 repectivamente, resultando em árvores filogenéticas. Das 164.920 sequências transcritas por Urochloa decumbens foi possível encontrar 2.445 sequências referentes a genes de resistência em plantas através da comparação com o banco PRGdb. Dos 2.445 genes, 1.221 eram diferentes entre si e podiam ser divididos em 12 domínios e multi-domínios de proteínas de resistência, sendo os domínios mais abundantes a Serina-Treonina-Quinase, NBS-LRR, e Serina-Treonina-Quinase – LRR. Outros domínios encontrados em menor quantidade foram MLO, GNK2, Unknown, Receptor like kinase, NBARC e TIR. As árvores filogenéticas permitiram relacionar os genes de U. decumbens aos de outras espécies conhecidas. Espera-se que este trabalho possa ser de auxílio em programas de melhoramento da Urochloa decumbens e de outras pastagens.